Uno de los principales compromisos del Museo es contribuir a la educación formal. En el diseño de sus contenidos y actividades han participado tanto profesores como alumnos de los niveles de primaria, secundaria y bachillerato. Una vez construido el edificio del Museo tendrán a su disposición salones, laboratorios y un auditorio para realizar sus prácticas docentes. A nivel bachillerato el Museo diseñó una Trayectoria de Aprendizaje Especializante en “Innovación para la Sustentabilidad”, operó el programa de educación ambiental internacional “Earth Partnership” e implementó el Foto Blog “Gente de la Tierra” para conformar una comunidad global de jóvenes preocupados por el medio ambiente. A nivel posgrado el Museo participó en el desarrollo de la Maestría en Ciencias de la Ciudad (CUTONALÁ) y en el fortalecimiento del Doctorado Ciudad, Territorio y Sustentabilidad (CUAAD). Muchas de estas actividades se desarrollaron en colaboración con la Universidad de Wisconsin-Madison y el Media Lab del Massachusetts Institute of Technology (MIT).