El Museo realiza actividades de investigación formal en los campos de ecología, urbanística y educación que se asocian con actividades de vinculación social e institucional. Desde el Museo se coordinaron el diagnóstico multidisciplinario para ONU-HÁBITAT sobre la sostenibilidad ambiental de Guadalajara y el diagnóstico ambiental y de riesgos del Cerro del Cuatro en Tlaquepaque. También documentó la historia de las ciencias ambientales en Jalisco y elaboró diagnósticos participativos sobre las necesidades y aspiraciones de los vecinos en lo relativo al Museo. A futuro se plantean proyectos de “ciencia ciudadana” para contribuir a generar soluciones comunes a problemas socioambientales comunitarios.